El Museo se encuentra en el Centro Histórico de la ciudad de Puebla y cuenta actualmente con 14 salas, en las cuales se exhiben vasijas, estelas y esculturas de origen zapoteca, huasteca, maya, olmeca y azteca mueblería, lienzos y objetos religiosos del periodo colonial y muestras del arte contemporáneo; además, tiene un sistema de información computarizada digital que permite ver imágenes de las piezas y escuchar en varios idiomas la explicación de ellas.