La Iglesia de San Juan Chamula está ubicada en la gran plaza del pueblo, tienen lugar los eventos más importantes, como el mercado, las elecciones, las reuniones políticas y las ceremonias religiosas. La iglesia es sobria, con un gran portón entablerado que sólo se abre por completo en la fiesta de San Juan. Todo está vigilado por los mayoles o policías, que portan un chuck cotón de lana gruesa blanco y un marro de madera dura como el fierro. A los visitantes les está prohibido tomar fotografías. El acceso al interior de la iglesia está regulado y se debe pagar una cuota para entrar.